Zgodnie ze swoją definicją audit to systematyczna i niezależna ocena przebiegu procesów w organizacji, a tym samym ocena funkcjonowania systemu. Celem kierownictwa firmy, a także auditorów jest przedstawienie działań auditowych jako coś pozytywnego, co pozwoli uniknąć problemów w przyszłości i daje okazję do doskonalenia poprzez działania korygujące. Niezależnie od tego, zarówno kierownictwu, jak i auditowanym zależy na tym, aby ocena wydana po audicie była pozytywna, audyt jest dla kierownictwa potwierdzeniem potencjału systemu i organizacji. Życie pokazuje jednak, że nie zawsze może być tak jak byśmy chcieli, podczas auditu mogą zostać ujawnione przypadki niespełnienia kluczowych wymagań. To niespełnienie wymagań nazwane jest niezgodnością. 

Niezgodności można podzielić ze względu na wpływ na funkcjonowanie systemu. Klasyfikacja niezgodności daje także obraz słabych i mocnych stron systemu jakości w organizacji. Wyróżnia się niezgodność małą, definiowaną jako pojedynczy przypadek niespełnienia wymagania, natomiast niezgodność duża to przypadek nie odniesienia się do punktu normy, konkretnego wymagania poddanego ocenie podczas auditu. Niezgodność duża ma miejsce także w sytuacji nie wprowadzenia wymagania normy, czy też zalecenia audytu zewnętrznego. O niezgodności dużej można powiedzieć, w przypadku stwierdzenia systematycznego, celowego niespełnienia wymagania wewnętrznego systemu jakości firmy. 
W celu stwierdzenia występowania niezgodności w pierwszej kolejności należy oczywiście ustalić fakty, przedstawić zapis niezgodności przy użyciu odpowiedniej terminologii, używając sformułowań błąd, wymaganie, dowód, odnosząc się do konkretnego punktu normy. W przypadku niezgodności małej można się posłużyć zwrotami "mniejsza", "pojedynczy przypadek", "problem wymagający uwagi". Przy niezgodnościach dużych należy zaznaczyć istotę niespełnienia wymagań - "znaczące niespełnienie wymagań normy", "wpływ na działanie systemu", "znacząca ilość niezgodności mniejszych". W związku z tym, że raport musi opierać się na obiektywnych dowodach auditor powinien odnosić się do numeru operacji, wyrobu, rysunku, zamówienia, wysyłki itp. 
Niezgodności należy określić w taki sposób, aby w przyszłości opis przedstawiał sytuację faktycznie mającą miejsce, w sposób oddający realnie sytuację. Zapisy z auditu muszą być zatem przydatne w przyszłości, aby można było się odnieść do zapisów za jakiś czas, przy dokonywaniu analiz czy podsumowań. 
Bardzo istotne jest określenie niezgodności w taki sposób, aby osoby do których bezpośrednio się ona odnosi zrozumiały jej istotę. Ma to szczególne znaczenie podczas auditów działów produkcji, gdzie pracują często osoby bardzo dobrze wykwalifikowane do wykonywanych działań, jednak nie posiadające wyższego wykształcenia. Zrozumienie zapisów opartych o samą normę czy terminologię stricte systemową może okazać się zupełnie niezrozumiałe. 
Podczas klasyfikacji niezgodności mogą pojawić się pewne wątpliwości, aby je rozwiać można się zastanowić, jakie mogłyby być konsekwencje gdyby niezgodność nie została skorygowana, oraz jakie jest prawdopodobieństwo powstawania problemu. 

Auditorzy nie zawsze muszą sklasyfikować zaistniałą sytuację jako niezgodność. W sytuacjach, gdy jest możliwość niespełnienia wymagania, jednak nie możemy stwierdzić jego występowania - brak jasnych dowodów na niespełnienie wymagania, brak natychmiastowego ryzyka auditor może zaznaczyć raporcie tzw. obserwację. Wskazanie obserwacji służy ukazaniu możliwości doskonalenia, obszarów wymagających poprawy w sytuacjach gdy ogólna ocena jest dobra, natomiast mogłaby być lepsza. Obserwacje można jednak wskazać tylko wtedy, gdy istnieją możliwości doskonalenia. Co jest istotne od strony pracy auditora - zanim auditor napisze raport niezgodności, powinien być absolutnie pewny, że niezgodność rzeczywiście wystąpiła. Nie jest dopuszczalne wyciąganie wniosków pochopnych, "na pierwszy rzut oka". Obowiązkiem auditora jest upewnić się, że ustalone zostały kompletne, obiektywne dowody zgodności lub niezgodności. Jeżeli auditor ma wątpliwość co do istnienia dowodów niezgodności może oczywiście spisać obserwację oraz punkty do dalszego zbadania. Informacje takie powinien przekazać do osoby kompetentnej w danym temacie mogącej potwierdzić, bądź rozwiać wątpliwości. Zatem wszelkie notatki powinny być spisane precyzyjnie, rzeczowo, dokładnie, a przede wszystkim na temat ;). 

Auditorzy muszą zawsze pamiętać, że oczekuje się od nich sporządzenia kompletnego raportu na temat wyników auditu i raportowanie nie może ograniczać się tylko do przedstawiania kart niezgodności. Raport musi kompleksowo określać zarówno pozytywne jak i negatywne spostrzeżenia. Oprócz treści raportu niezgodności nie bez znaczenia jest także jego forma. Organizacje mają przyjęty wewnętrzny wzór raportu niezgodności, oznaczany za każdym razem indywidualnym numerem. W przypadku auditów klienckich raporty powinny być sformułowane zgodnie z procedurami klienta. Zatem oprócz formularza raportu z auditu mogą być stosowane specjalne formularze rejestrujące niezgodności wynikające z przeprowadzonych działań auditowych. Formularze te zawierają nagłówek, w którym odnotowane są dane dotyczące auditu, numer, części odpowiednio do wypełnienia przez auditora, pole dla auditowanego do zapisania wyników badania przyczyn niezgodności oraz określenia działań korygujących i terminów ich zakończenia. Istotnym polem jest miejsce na adnotacje o realizacji zaleceń oraz działań korygujących. 

Często spotykane w praktyce jest sporządzanie raportów niezgodności "tu teraz", bezzwłocznie podczas auditu. Pozwala to "na świeżo", bez późniejszego przypominania czy ustalania "a jak to było?" zanotować spostrzeżenia i uniknąć pomyłek podczas formułowania raportu po czasie od przeprowadzonego auditu. Bez względu na to, czy raport pisany jest od razu, czy też później wymagana się brak jakichkolwiek niespodzianek. Wnioski, należy natychmiast zakomunikować na auditowanemu i uzgodnić z nim zaistniałe sytuacje. Sytuacją idealną byłoby umożliwienie wglądu do raportu niezgodności, co umożliwi weryfikację tego, czy raport jest napisany wystarczająco zrozumiale. Dodatkowo istnieje możliwość uzyskania podpisu strony auditowanej pod raportem. Powyższe zalecane jest w celu zachowania prawidłowej atmosfery i nastawienia obydwóch stron auditu. Generalnemu podsumowaniu auditu służą spotkania podsumowujące z kierownictwem strony auditowanej oraz spotkanie zamykające, które przeprowadza się w celu przedstawienia wyników auditu. W trakcie tych spotkań wyniki przedstawia się zarówno ustnie jak i w formie pisemnej. Raporty pisemne będą adresowane do:

• auditowanych;
• kierownictwa auditowanej organizacji;
• auditorów wewnętrznych organizacji;
• kierownictwa klienta zlecającego audit;
• auditora przygotowującego się do następnych auditów w tej samej organizacji;
• auditorów z organizacji akredytujących (w przypadku akredytowanych auditów certyfikacyjnych)

Podsumować powyższy artykuł można stwierdzeniem, że prawidłowe zidentyfikowanie, przekazanie, spisanie faktu istnienia, bądź nie wystąpienia niezgodności, wraz ze wskazaniem działań doskonalących pozwala na zakończenie procesu auditu, a cytując fragment normy ISO 19011 należy zaznaczyć także, że "audit jest zakończony, jeżeli wszystkie działania opisane w planie auditu zostały wykonane oraz zatwierdzony raport z auditu został rozesłany."